Çalıştay Programı
Paralel Programlama Çalıştayı
21 Haziran 2010 (Ortak Oturumlar) 22 Haziran 2010 23 Haziran 2010 24 Haziran 2010 25 Haziran 2010
09:15-10:45 Açılış, HPC I HPC III MPI Noktadan Noktaya Haberleşme I MPI Toplu Haberleşme I MPI Türet. Veri Tip. I
10:45-11:00 Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası
11:00-12:30 HPC II HPC IV MPI Noktadan Noktaya Haberleşme II MPI Toplu Haberleşme II MPI Türet. Veri Tip. II
12:30-13:45 Öğle Yemeği Öğle Yemeği Öğle Yemeği Öğle Yemeği Öğle Yemeği
13:45-15:15 Neden Yüksek Başarım? Dağıtık Hesaplamaya (MPI) Giriş I MPI Noktadan Noktaya Haberleşme III MPI Uygulamaları I MPI Sanal Topoloji & Haberleşme I
15:15-15:30 Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası
15:30-17:00 Paralel Programlamaya Giriş Dağıtık Hesaplamaya (MPI) Giriş II MPI Noktadan Noktaya Haberleşme IV MPI Uygulamaları II MPI Sanal Topoloji &
Haberleşme II
Grapg Topoloji &
METIS (Ödev)
17:15-18:30 Hoşgeldiniz Kokteyli
28 Haziran 2010 29 Haziran 2010 30 Haziran 2010 1 Temmuz 2010 2 Temmuz 2010
09:15-10:45 MPI-2 + MPI Paralel Girdi / Çıktı Fonksiyonları SMP'ye Giriş OpenMP Uyg.&Ödev Çözüm. Proje I (PDE) Proje II
10:45-11:00 Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası
11:00-12:30 MPI Ödev Çözüm
MPI Uygulama&Proje
OpenMP'ye Giriş I OpenMP Analizi Proje I (PDE) Proje II
12:30-13:45 Öğle Yemeği Öğle Yemeği Öğle Yemeği Öğle Yemeği Öğle Yemeği
13:45-15:15 Performans analizi (TAU) OpenMP'ye Giriş II OpenMP+MPI programlama Proje I (PDE) Proje II
15:15-15:30 Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası
15:30-17:00 Performans analizi (TAU) OpenMP Uyg.&Proje OpenMP & MPI Prog. Uygulamaları Proje I Çözümleme (PDE) Proje II Çözümleme
17:15-18:30 Hoşgeldiniz Kokteyli
Hesaplamalı Kimya Çalıştayı
21 Haziran 2010 (Ortak Oturumlar) 22 Haziran 2010 23 Haziran 2010 24 Haziran 2010
09:15-10:45 Açılış, HPC I Moleküler Elektronik Yapı Hesaplamaları (Teori) Turbomole I
09:15 - 10:15 DFT I
10:15 – 10:30 Kahve Arası
10:30 – 12:30 DFT II
12:30 – 13:45 Öğle Yemeği
13:45 – 15:35 VASP
15:35 – 15:55 Kahve Arası
15:55 – 17:45 Siesta ve Transiesta
10:45-11:00 Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası
11:00-12:30 HPC II Gaussian ve Uygulamaları Turbomole II
12:30-13:45 Öğle Yemeği Öğle Yemeği Öğle Yemeği
13:45-14:45 Neden Yüksek Başarım? Benzetim Yöntemleri ve MD Molpro I
14:45-15:00 Kahve Arası
15:00-15:15 Benzetim Yöntemleri ve MD
15:15-15:30 Kahve Arası Kahve Arası
15:30-15:45 4. Paralel Programlamaya Giriş Molpro II
15:45-16:00 Kahve Arası
16:00-17:00 Amber ve Uygulamalar
17:00-17:15 Kahve Arası
17:15-18:15 Hoşgeldiniz Kokteyli Amber ve Uygulamalar
18:15-18:30
Hesaplamalı Akışkanlar Mekaniği Çalıştayı
21 Haziran 2010 (Ortak Oturumlar) 28 Haziran 2010 29 Haziran 2010
09:15-10:45 Açılış, HPC I Fluent I OpenFOAM
10:45-11:00 Kahve Arası Kahve Arası Kahve Arası
11:00-12:30 HPC II Fluent II MpCCI
12:30-13:45 Öğle Yemeği Öğle Yemeği
13:45-15:15 Neden Yüksek Başarım? Fluent III
15:15-15:30 Kahve Arası Kahve Arası
15:30-17:00 Paralel Programlamaya Giriş Fluent IV + METIS
17:15-18:30 Hoşgeldiniz Kokteyli
Hesaplamalı Yer Sistem Bilimi Çalıştayı
21 Haziran 2010 (Ortak Oturumlar) 1 Temmuz 2010
09:15-10:45 Açılış, HPC I YSM'ye giriş, CCSM
10:45-11:00 Kahve Arası Kahve Arası
11:00-12:30 HPC II Bölgesel modelleme, model kuplaj + iş akışları
12:30-13:45 Öğle Yemeği Öğle Yemeği
13:45-15:15 Neden Yüksek Başarım? Hidroloji, Ekosistem
15:15-15:30 Kahve Arası Kahve Arası
15:30-17:00 Paralel Programlamaya Giriş Yazılım ortamı, dosya formatları, NCL, RegCM3 çalıştırma
17:15-18:30 Hoşgeldiniz Kokteyli

 

PROGRAM DETAYLARI
Paralel Programlama Çalıştayı:
Yüksek Başarımlı Hesaplama (HBC) 1-2 kapsamında verilecek eğitim:
• Yüksek Başarımlı Hesaplama(YBH) Nedir?
• UYBMH'de mevcut bilgisayar yapısı
• Sistemlere Nasıl erişiriz
• İş teslimi nasıl yapılır
• Login Süreci
• Mevcut Yazılımlar
Yüksek Başarımlı Hesaplama (HBC) 3-4 kapsamında verilecek eğitim:
• Editörler
• Derleme (Compiling)
• Make / Makefile
• Hata Ayıklama (Debug)
Dağıtık Hesaplamaya Giriş (MPI) I-II ve MPI Noktadan Noktaya Haberleşme I-IV kapsamında verilecek eğitim:
• Dağıtık hesaplama programlamasına ve temellerine giriş
• Mesaj geçme teknolojisine giriş
• Basit MPI tabanlı algoritmalar
• Send ve receive kavramları ve örnekleri (uygulamalı)
MPI Toplu Haberleşme I-II ve MPI Uygulamalar I-II kapsamında verilecek eğitim:
• MPI da tek yönlü iletişim (one-sided communication) ve uygulamaları
• MPI da çoklu iletişim (collective communication) ve uygulamaları
MPI Türetilmiş Veri Tipi I-II ve Sanal Topoloji I-II kapsamında verilecek eğitim:
• Türetilmiş veri tiplerine dayalı MPI hesaplama
• Sanal topolojiye dayalı MPI hesaplama
MPI-2 ve Performans Analiz (TAU) I-II kapsamında verilecek eğitim:
• MPI-2 özellikleri ve uygulamalar
• Paralel veri giriş/çıkışı
• Mpip hata ayıklama ve profil çıkarma
• Paralel program analizi ve TAU paralel program analiz araçları kurulumu ve uygulamaları

Dağıtık Hesaplamaya Giriş, TAU ve OpenMP Uygulama Çözümü ve Analizi
Dağıtık Hesaplamaya Giriş (MPI) I-II kapsamında verilecek eğitim:
• Dağıtık hesaplama programlamasına ve temellerine giriş
• Mesajlaşma teknolojisine giriş
Performans Analiz (TAU) I-II kapsamında verilecek eğitim:
• Paralel program analizi
• TAU paralel program analiz araçları
• TAU analiz araçlarının MPI uygulamaları
OpenMP Uygulama Çözümü ve Analizi:
• OpenMP Proje Uygulaması Çözümü
• OpenMP Analiz araçları
• OpenMP Proje Uygulamasının Analizi
Proje I-I (Kısmi Diferansiyel Denklemler) kapsamında verilecek eğitim
• Kısmi Diferansiyeller ve uygulama alanlarının anlatımı
• Örnek kısmi diferansiyel denklemler
• Laplace diferansiyel denklemi ve ısı denklemi
• Örnek Uygulamanın anlatılması

Proje I-II (Kısmi Diferansiyel Denklemler) kapsamında verilecek eğitim
• Sonlu farklar yöntemi ile ısı denkleminin ayrıklaştırılması
• Sınır koşullarının tanımlanması
• Seri kod yazılması ve uygulama

Proje I-III (Kısmi Diferansiyel Denklemler) kapsamında verilecek eğitim
• Kodun paralelleştirilmesi
• Türetilmiş veri tiplerinin, sanal topolojinin ve gruplamanın uygulama için kullanımı
• Hayalet hücre kavramı
• Uygulama

Proje I-IV (Kısmi Diferansiyel Denklemler) kapsamında verilecek eğitim
• Örnek kodların incelenmesi, uygulama
• Soru - cevaplar


Hesaplamalı Kimya Çalıştayı:

Moleküler Elektronik Yapı Hesaplamaları

• Model Kimyasında Kullanılan Yöntemler, Taban Setleri
• Doğru Yöntem Seçimi
• Potansiyel Enerji Yüzeyi (Lokal/Global Minimum)
• Geometri Eniyilemesi, Frekans Hesaplamaları
• Tepkime Yolu Modellemesi
• Görselleştirme Araçları
• Gaussian 03/09 ile çalışma
• Gaussian yazılımının seri olarak ve paralel ortamda çalıştırması (Uygulamalı)

Benzetim Yöntemleri ve MD

• Moleküler benzetim yöntemleri: MD ve Monte Carlo

• Kuvvet Alanları

• MD yönteminin hesapsal altyapısı

• Farklı istatistik topluluklarda MD

Amber ve Uygulamaları

• Amber kuvvet alanlarının tanıtılması

• Amber kullanımı için gerekli başlangıç dosyalarının oluşturulması

• Amber kullanılarak minimizasyon gerçekleştirilmesi

• Amber kullanılarak simülasyon gerçekleştirilmesi

• Amber ile yapılmış bir simülasyonun sonuçlarının analiz edilmesi

• Amber9 sürümünün paralel çalışma performası

Turbomole ve Molpro

TURBOMOLE:

• Turbomole'un genel özellikleri

• Turbomole inputunun hazırlanması

• RI-DFT, RI-MP2 ve RI-CC2 metotlari ile geometri optimizasyonları

• SCS-MP2 ile counterpoise corrected geometri optimizasyonları

MOLPRO:

• Molpro'nun genel özellikleri

• Molpro inputunun hazırlanması

• Dimerler için potansiyel enerji enerji yüzeylerinin oluşturulması

• HF, MP2, CCSD(T) ve B3LYP-D metotları ile Supermolekuler etkileşim enerji (interaction energy) hesaplamaları

• DFT-SAPT (Symmetry adapted perturbation theory) ile etkileşim enerji hesaplamaları


DFT I
• DFT nedir? (Kısaca teorisi, algoritması, neler yapabiliriz, neler yapamayız? DFT ile predict edilip daha sonra sentezlenen malzemelerden örnekler)

DFT II
• DFT deki bazı kavramlar hakkında bilgi.
• Plane waves and local orbital methods in DFT
• Crystal structure types, Brillouin Zone and K-POINTS concepts in DFT calculations.
• Pseudopotentials
• Ionic relaxation, convergence, band structure and density of states (DOS) concepts in DFT calculations.
• GW corrections and hybrid functionals.
• Brief introduction to quantum transport calculations in DFT.
VASP
• VASP kodunu tanıtım. Kodun özellikleri, yapısı, kurulumu.
• Parallel scaling and resource requirements. INPUT tag’lerinin anlatımı.
• INTERACTIVE olarak vasp kullanarak grafin ve grafin nanoribbonların atomik, elektronik ve manyetik özelliklerinin hesaplanması.
• Graphene in lattice type’ini belirlenip primitive unit cell’inin iteractive olarak oluşturulması.
• Conjugate gradient relaxation kullanılarak ionic relaxation yapılması ve equilibrium lattice constant inin bulunması.
• Bulunan equilibrium lattice constant icin band structure ve DOS unun çizilmesi.
• Graphene için phonon bantları ve phonon DOS’ları için gerekli inputların hazırlanmasının anlatılması.
• Graphene nanoribbonlarin oluşturulması ve yapısal, elektronik ve manyetik özelliklerinin hızlı bir şekilde hesaplanması.
• UYBHM’de vasp tricks. Kullanışlı bash ve matlab kodlarının tanıtımı ve mevcut visualization programları.
SIESTA ve TRANSIESTA
• Siestahakkında bilgi. Kullandığı metotlar ve vasptan farkları. Kodun ozellikleri, yapısı, kurulumu. Parallel scaling ve resource requirements. INPUT tag’lerinin anlatımı.
• 3. Session’daki konuların siesta ile tekrar intreractive olarak yapılması.
• TRANSIESTA kullanılarak bir graphene nanoribbon icin conductance ve current-voltage (I-V) hesaplarının yapılması.
Hesaplamalı Akışkanlar Mekaniği Çalıştayı:
Fluent I kapsamında verilecek eğitim
• Fluent yazılımının tanıtılması, grafik arayüzün kullanımı ve uygulama
• Fluent çalışma algoritması, seri iş hazırlanması ve uygulama
Fluent II kapsamında verilecek eğitim
• Paralel olarak çalışacak işin hazırlanması
• Fluent için betik yazımının anlatılması, hata mesajları ve uygulama
• Haberleşme kütüphanelerinin seçilmesi, infiniband kullanımı
Fluent III kapsamında verilecek eğitim
• LSF üzerine iş teslimi ve kontrolleri
• LSF üzerinde verilmiş işin öldürülmeden yarıda kesilmesi ve daha sonra devam ettirilmesi
• LSF üzerinde çalışan işlerin sonuçlarına erişim ve uygulama
METIS kapsamında verilecek eğitim
• METIS kütüphanesinin anlatımı
• Graph ve Mesh hazırlanması anlatımı ve uygulama
• METIS’in kütüphane ve binary olarak kullanımı
MpCCI kapsamında verilecek eğitim
• MpCCI ve çoklu fiziksel modellemenin anlatımı
• Örnek akışkan ve katı modellerinin tanıtımı ve hazırlanması
• MpCCI ile akışkan ve katı modellerinin birleştirilmesi
• Uygulama
kapat
kapat